CD

Ấn bản tái bản đầu tiên là bản CD năm 1986 với một chút thay đổi: tên của album được đưa lên phần bìa. Ngoài ra, album có thêm bản mix của ca khúc "All Tomorrow's Parties" với phần hát chính không có phần hát đè như trong bản LP gốc. Thực tế thì quyết định sử dụng phần hát đè trong bản LP gốc cũng chỉ được đưa ra vào những phút cuối cùng. Bill Levenson, người từng được tham khảo cuốn catalog của The Velvet Underground ở Verve/MGM, đã quyết định giữ lại bản hát không có phần hát đè nhằm gây bất ngờ cho người hâm mộ, song đã nhanh chóng gây thất vọng khi thực ra bản thu này đã được ghi ở phần bìa sau của CD với dòng chú thích "chưa từng phát hành"[36].

Ấn bản CD năm 1996 đã xóa toàn bộ những thay đổi trên để trở về với bản LP nguyên gốc.

Peel Slowly and See box set

Box set của ban nhạc, Peel Slowly and See (1995), đã đưa toàn bộ The Velvet Underground & Nico trong nội dung của mình. Album lần này có thêm một đĩa CD 2 trong đó bao gồm đĩa đơn "All Tomorrow's Parties" cùng 2 ca khúc của Nico trong album Chelsea Girl và đoạn trích 10 phút trong tổng số 45 phút trình diễn của ca khúc "Melody Laughter". Trong CD 1 cũng có thêm một số bản demo của nhóm từ năm 1965 với tên Ludlow Street: đây là những bản thu phác thảo đầu tiên của những ca khúc "Venus in Furs", "Heroin", "I'm Waiting for the Man" và "All Tomorrow's Parties".

Ấn bản Deluxe

Năm 2002, hãng Universal đã cho phát hành 2 đĩa trong một ấn bản Deluxe bao gồm cả bản mono lẫn stereo của toàn bộ album, cùng với 5 ca khúc trong album Chelsea Girl của Nico (đều được viết và sáng tác bởi các thành viên của The Velvet Underground) và các ấn bản đĩa đơn của "All Tomorrow's Parties", "I'll Be Your Mirror", "Sunday Morning" và "Femme Fatale". Bản demo của ca khúc không được phát hành "Miss Joanie Lee" ban đầu cũng được dự kiến cho vào trong album, song những tranh cãi về bản quyền giữa ban nhạc và Universal đã dẫn tới việc dừng phát hành ca khúc này. Chính những vấn đề trên cũng là lý do khiến ban nhạc đã hủy rất nhiều dự định cho Bootleg chính thức của mình. Tháng 4 năm 2010, Universal đã tái bản lại toàn bộ 2 đĩa, gộp lại trong 1 CD có tên "Rarities Edition".

1. "Little Sister" – 4:30
2. "Winter Song" – 3:23
3. "It Was a Pleasure Then" – 8:09
4. "Chelsea Girls" – 7:29
5. "Wrap Your Troubles in Dreams" – 5:09

1. "All Tomorrow's Parties" – 2:53
2. "I'll Be Your Mirror" – 2:18
3. "Sunday Morning" – 3:00
4. "Femme Fatale" – 2:38

Ấn bản kỷ niệm 45 năm phát hành Super Deluxe

Ngày 1 tháng 10 năm 2012, Universal cho phát hành ấn bản box set 6 album[37], và đây được coi là ấn bản Deluxe đầy đủ nhất. Nó bao gồm 2 đĩa bổ sung như ở trên với các định dạng stereo và mono, đĩa 3 là toàn bộ album Chelsea Girl của Nico, đĩa 4 là toàn bộ ấn bản của Scepter Studios. Đĩa 5 và 6 bao gồm toàn bộ buổi trình diễn năm 1966 chưa từng được phát hành. Theo bài đánh giá của nhà nghiên cứu Richie Unterberger theo kèm box set, ấn bản duy nhất làm gốc cho 2 đĩa này là một cuộn băng được thâu với chất lượng tương đối khi Nico vẫn còn trong nhóm. Bài đánh giá cũng giải thích vì sao không có một DVD nào trong box set vì thời kỳ đó không có một buổi diễn nào của ban nhạc được quan tâm hay quay lại vì ban nhạc vốn có chút hiềm khích với truyền thông.

1. "Melody Laughter" (không lời) – 28:26
2. "Femme Fatale" – 2:37
3. "Venus in Furs" – 4:45
4. "The Black Angel's Death Song" – 4:45
5. "All Tomorrow's Parties" – 5:03

1. "Waiting for the Man" – 4:50
2. "Heroin" – 6:42
3. "Run Run Run" – 8:43
4. "The Nothing Song" (không lời) – 27:56